新生入门教程¶
欢迎加入程俊课题组,每个人来到新环境都需要熟悉和学习规则,请各位新生按照以下清单顺序进行入组的准备。
个人座位¶
每位入学新生将分到一个座位和一台iMac电脑用于日常的科研。请大家先注册一个Apple ID, 然后寻找 课题组的集群管理员,为你开通iMac电脑的账号。
集群与集群账号¶
课题组配备有集群 (超算) 资源供科研使用,而集群是以 Linux 系统运行的。与Windows类似,是另一种电脑操作系统。主要以命令行 (键盘) 操作为主,因此如果不熟悉 Linux 系统的同学,请先自己粗略学习一下 Linux入门。
要登陆集群,同样需要集群账号,请寻找 课题组的集群管理员 为你开通集群账号。
登录集群 建议使用iMac的终端(terminal)。这里iMac,指的就是苹果苹果电脑。由于苹果操作系统 Macos
与 Linux
都是从 Unix
系统衍生出来,因此使用苹果系列电脑来登录集群最为方便。Windows
系统的电脑则需要额外安装软件。
使用iMac登录集群只需要同时按住 Cmd+Space ,就会跳出搜索框。在搜索框中输入 terminal
/ 终端
,则会跳出终端应用。使用终端的SSH
命令即可。SSH
使用具体见下文。
由于近年来组内配置的电脑陆续开始使用 Windows,故也请大家参考 Windows下 WSL 使用简介 和 Linux入门 中的介绍,在 Windows 系统配置获得尽可能无缝的终端使用体验。
为建立账号,需要生成 SSH密钥。登录集群需要使用 SSH 操作。
使用集群前,请大家熟悉集群的 基本知识 和操作。如果要使用GPU等资源,还需学习 如何使用集群上的GPU。
如果以上有任何难以理解的内容请立即汇报给 课题组的集群管理员
在iMac上和在集群上使用Python¶
Python是一种非常方便的编程语言,可以帮助我们处理计算数据。但是纯Python的安装和相应的Python库使用是十分烦人的。因此名为Anaconda
的软件可以帮助我们解决这个问题。
在iMac上,安装Anaconda
,直接去搜索引擎搜索Anaconda
然后去官网下载对应的安装包即可。
在集群上,我们已经提前为大家安装好了Anaconda
,使用和设置方法参见集群上的Anaconda
必学项目¶
- 尚未更新为 2024 版
也可参考录制于2020年的旧版
选学 (具体项目相关)¶
固体电子结构¶
统计力学¶
- Introduction to Statistical Mechanics
- David Tong at DAMTP, Cambridge: Lectures on Theoretical Physics
- Lectures on Statistical Physics
- Lectures on Quantum Mechanics
- Lectures on Solid State Physics
- 统计热力学
- 自由能计算方法
分子动力学¶
机器学习¶
- 需要科学上网
- 需要科学上网
机器学习势函数¶
也可参考录制于2020年的教程
生成模型¶
- Diffusion and Score-Based Generative Models (1)
- Dr. Yang Song — Advancements in Diffusion Models for Generative AI (2)
- Generative Modeling by Estimating Gradients of the Data Distribution
- A Pedagogical Introduction to Score Models
- 通用分子结构模型Graphormer简介 - 郑书新博士
- Beyond AlphaFold2: 从结构预测到分布预测 | 郑书新博士 | 微软研究院 | Distributional Graphormer (DiG)
- Materials Project Seminars – Tian Xie "MatterGen: a generative model for inorganic materials design" (3)
- 需要科学上网
- 需要科学上网
- 需要科学上网
说明
- : 书籍或文献资料等
- : 视频教程
- : 博客或文档等