新生入门教程¶
欢迎加入程俊课题组,每个人来到新环境都需要熟悉和学习规则,请各位新生按照以下清单顺序进行入组的准备。
个人座位¶
每位入学新生将分到一个座位和一台iMac电脑用于日常的科研。请大家先注册一个Apple ID, 然后寻找**课题组的集群管理员**,为你开通iMac电脑的账号。
集群与集群账号¶
课题组配备有集群(超算)资源供科研使用,而集群是以**Linux**系统运行的。与Windows类似,是另一种电脑操作系统。主要以键盘操作为主,因此如果不熟悉**Linux**系统的同学,请先自己粗略学习一下(视频)Linux入门
要登陆集群,同样需要集群账号,请寻找**课题组的集群管理员**为你开通集群账号。
登录集群**建议使用iMac的终端(terminal)**。这里iMac,指的就是苹果苹果电脑。由于苹果操作系统Macos
与Linux
都是从Unix
系统衍生出来,因此使用苹果系列电脑来登录集群最为方便。Windows
系统的电脑则需要额外安装软件。
使用iMac登录集群只需要同时按住command
+空格
,就会跳出搜索框。在搜索框中输入terminal
/终端
,则会跳出终端应用。使用终端的SSH
命令即可。SSH
使用具体见下文。
为建立账号,需要生成SSH密钥。登录集群需要使用SSH操作。
使用集群前,请大家熟悉集群的基本知识和操作。如果要使用GPU等资源,还需学习如何使用集群上的GPU。
如果以上有任何难以理解的内容请立即汇报给**课题组的集群管理员**
在iMac上和在集群上使用Python¶
Python是一种非常方便的编程语言,可以帮助我们处理计算数据。但是纯Python的安装和相应的Python库使用是十分烦人的。因此名为Anaconda
的软件可以帮助我们解决这个问题。
在iMac上,安装Anaconda
,直接去搜索引擎搜索Anaconda
然后去官网下载对应的安装包即可。
在集群上,我们已经提前为大家安装好了Anaconda
,使用和设置方法参见集群上的Anaconda
必学项目¶
选学[具体项目相关]¶
机器学习¶
(视频)Deep Learning Lecture by Frank Noe *需要科学上网
(书籍)Pattern Recognition and Machine Learning
(视频)Machine Learning for Physics and the Physics of Learning 2019 *需要科学上网
工作流¶
生成模型¶
(视频)Diffusion and Score-Based Generative Models
(视频)Dr. Yang Song — Advancements in Diffusion Models for Generative AI
(博客)Generative Modeling by Estimating Gradients of the Data Distribution
(博客)A Pedagogical Introduction to Score Models
(视频)通用分子结构模型Graphormer简介 - 郑书新博士
(视频)Beyond AlphaFold2: 从结构预测到分布预测 | 郑书新博士 | 微软研究院 | Distributional Graphormer (DiG)
统计力学¶
(博客)Introduction to Statistical Mechanics
(博客)David Tong at DAMTP, Cambridge: Lectures on Theoretical Physics
(博客)Lectures on Statistical Physics