VMD 使用说明¶
VMD介绍¶
VMD是分子可视化软件,主要用以查看分子动力学轨迹,
官网: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
VMD安装¶
Linux 和 Windows¶
直接查看官网,其他无需特殊注意
MacOS Catalina版本以上¶
由于苹果不再支持32位的软件,因此需要64位版本的VMD。
已经编译好的软件从这里下载: https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/31222.html
使用集群的VMD进行远程查看¶
现在51和52集群上均安装了VMD/1.9.3
使用方法是
module load vmd/1.9.3
然后如同在本地端使用vmd一样使用即可。
集群打开vmd报错¶
如果遇到报错
XRequest.149: BadMatch (invalid parameter attributes) 0xa00105
XRequest.149: GLXBadContext 0xa00001
首先在集群上查看
glxinfo
glxgears
如果得到报错
name of display: localhost:24.0
libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
libGL error: failed to load driver: swrast
X Error of failed request: GLXBadContext
Major opcode of failed request: 149 (GLX)
Minor opcode of failed request: 6 (X_GLXIsDirect)
Serial number of failed request: 23
Current serial number in output stream: 22
和
libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
libGL error: failed to load driver: swrast
X Error of failed request: BadValue (integer parameter out of range for operation)
Major opcode of failed request: 149 (GLX)
Minor opcode of failed request: 3 (X_GLXCreateContext)
Value in failed request: 0x0
Serial number of failed request: 28
Current serial number in output stream: 30
那么请在 本地Mac/iMac的终端上 退出 XQuartz 然后在本地终端里输入:
defaults write org.macosforge.xquartz.X11 enable_iglx -bool true
即可解决问题
Ref: https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/28494.html
在 XQuartz 2.8.0 版本之后,其配置文件的位置从org.macosforge.xquartz.X11
变成了org.xquartz.X11
,因此上述的命令应当改为
defaults write org.xquartz.X11 enable_iglx -bool true
笔者在Apple Silicon的MAC上使用XQuartz连接服务器涉及OpenGL
渲染器的程序时(如vmd
)会遇到以下报错:
libGL error: No matching fbConfigs or visuals found
libGL error: failed to load driver: swrast
mesa
的驱动支持部分,或许是Apple Silicon的平台现在不支持mesa
的渲染方式。现在还没有影响到正常的使用,但是每次都会有报错。
在上面的参考中有人给出了在mac下编译对应驱动的参考,后续可以考虑进行测试。WSL 远程使用 VMD 的注意事项¶
请参阅 Windows下 WSL 使用简介 中的介绍。