Open Ondemand 使用说明¶

介绍¶

为方便在HPC集群上执行一些交互类应用，我们在 ChengLab HPC 集群的 mgt02 节点部署了一个 Open Ondemand (OOD) 实例，该实例包含一个Jupyter应用入口，未来可根据需要部署更多应用。使用该服务可参考以下步骤。

前置准备¶

设置用户密码¶

由于 OOD 使用 PAM 认证，因此需要为登录用户设置相应的密码步骤： * 登录到 mgt02 节点 * 执行 passwd 设置用户密码，如密码未知可找管理员重置 * 执行 pamtester sshd $(whoami) authenticate 测试密码是否生效，如遇问题请等待1分钟后重试，遇问题可找管理员处理

设置ssh转发配置¶

该 OOD 部署于 mgt02 80端口, 访问需通过 ssh 转发。由于应用限制，本地转发端口必需设置为 8086。参考命令如下

ssh -v -N -L 8086:localhost:80 cheng-hpc

由于 mgt02 节点位于跳板机后，为便于访问可在个人电脑的 ~/.ssh/config 中配置以下内容, 注意替换 YOUR_NAME 为自己的登录名。

Host cheng-hpc
    Hostname 172.27.127.191
    User YOUR_NAME
    Port 6666
    ProxyJump YOUR_NAME@10.24.3.151

使用¶

在确保ssh转发正常工作后，在浏览器访问 http://localhost:8086 即可使用该服务。

Jupyter¶

为正常使用Jupyter, 需要在集群中通过conda进行安装，如果已有可忽略。具体步骤如下 * 登录 login01 or mgt02 * module load miniconda/3 * source activate <env> && pip install jupyterlab # 如果使用 <env> 环境可使用此语句加载并安装 * conda create -n <env> python=3.9 jupyterlab # 创建一个名为 jupyter 的新环境并安装 Jupyter lab（以上操作二选一） * source activate <env> # 载入刚刚安装的环境 * pip install nbconvert==6.4.3 # workaound 一个bug... 未来或可不用

通过界面上的 Interactive Apps => Jupyter 即可打开启动界面。里面多数选项可保持默认，唯一需要填写的是 Jupyter所在的conda环境（默认为base, 如Jupyter位于其它环境请选择其它文件名），以及用户名（填写登录用户名即可）。

提交作业后会进入Session界面，在该界面可以看到提交作业的状态。当启动完毕后会出现connect to jupyter，点击即可使用。

转化 Jupyter Notebook 为 Python 脚本¶

ipython nbconvert --to python *.ipynb